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为了研究不同柴胡种间的序列差异性及其亲缘关系,利用ITS基因对10个柴胡样本种间的PCR序列进行碱基差异性分析及系统发育研究。结果表明:1)紫花鸭跖柴胡和黑柴胡种间的遗传距离最小,遗传距离为0.002。2)北柴胡和银州柴胡、竹叶柴胡和有柄柴胡、紫花鸭跖柴胡和黑柴胡的亲缘关系较近。以上结果均表明,ITS基因可应用于柴胡种间的系统发育关系。