大豆EST序列长度与SSR特性的关系

• 作 者: 詹少华 盛新颖 樊洪泓 蔡永萍 林毅
• 机 构: 皖西学院化学与生命科学系,安徽农业大学生命科学学院
• 出 处: 大豆科学
• 发表日期: 2009年2期
• 关键词: 大豆 表达序列标签 EST—SSR 序列长度 重复基元 Soybean EST EST - SSR Sequence length Repeat

为了分析大豆EST—SSR的特征和比较其不同长度EST序列中的SSR特性，从NCBI下载了大豆EST序列，应用SSRIT搜索SSR，分析了20183个无冗余的EST序列，发现了1747个EST序列（8．66％）含有SSR，长度超过400bp的EST序列禽SSR的比例为10．05％，而长度彳F400bp以下的EST序列SSR的比例为4．74％。二核苷酸和三核苷酸SSR是大豆EST—SSR的主要类型，分别的60．45％和37．04％，最常见的SSR基元是：AT、AG、AAT、AC、AAG、ACC。在1798个