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通过对鲤形目鱼类5个科的代表类群的完整线粒体12S rRNA进行测序和分析，以检验目前的形态学假说。经序列比对后，有1000个位点，其中467个位点在茎区，533个在环区；有395个位点为变化位点，其中267个为系统发育信息位点。采用邻接法和最大简约法进行了系统发育分析，其结果支持鲤科鱼类成为一个单系群，非鲤科的鲤形目鱼类成为另一个单系群的观点，这与Siebert提出的假说相一致。鲤科鱼类包含3个主要的分支，即鱼丹系、鲤系和雅罗鱼系；但在非鲤科鲤形目鱼类中，其关系不能得到很好的解决，其中鳅科是复系，平鳍鳅