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在喀什和霍尔果斯经济特区的强力推动下，新疆主要出口市场经济正逐渐复苏，对农产品需求快速增长，政府对农产品加工产业的有力扶持，绿色消费理念的兴起为新一轮大规模援疆工作提供机遇。同时新疆面临着整体科技创新能力低，人才储备不足，农产品精深加工比重低，加工基地布局失衡，恶性竞争加剧，质量管理体系不健全，生产与市场联系松散的挑战。建议应加强农业科学技术支撑力度，纵深发展农产品加工产业链，调整、优化基地的区域布局，加快完善农产品质量安全体系，促进“农户＋加工企业”的基地标准化建设。