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利用三阶段DEA模型，从高等学校科技创新投入产出的角度，分别对安徽省29所公办普通本科高校进行科技创新效率评估，总体上，样本高校科技创新效率不高，制约其提升的主要原因是规模效率，高校所在地区的经济发展水平与科技创新投入冗余存在显著的正相关关系，非DEA有效高校的科技创新投入冗余比例和产出不足比例均较高：并运用Malmquist全要素生产率指数模型对样本高校进行科技创新效率动态分析，技术进步和规模效率是导致Malmquist全要素生产率指数变化的主要原因。