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星载原子钟作为导航信号生成和系统测距的星上时间基准，为导航系统提供了精确稳定的频率源，其性能直接决定用户的导航定位精度。本文介绍了采用精密定轨与时间同步方法实现原子钟在轨性能评估方案，基于IGS钟差产品，分析了电离层、轨道残差等钟差测定系统噪声对在轨原子钟性能评估精度的影响，得出了有效的结论，可为我国北斗卫星高精度星载原子钟性能评估提供参考。