【摘 要】
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为明确海蓬子EST序列中SSR的总体特征,开发海蓬子EST-SSR引物,从NCBI网站下载海蓬子及其近缘植物EST序列,利用Cross match等软件过滤掉载体序列、polyA/T和过短或过长的低质
【机 构】
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江苏省农业生物学重点实验室,南京晓庄学院
【基金项目】
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江苏省农业科技自主创新基金项目[CX(12)1005-2]
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为明确海蓬子EST序列中SSR的总体特征,开发海蓬子EST-SSR引物,从NCBI网站下载海蓬子及其近缘植物EST序列,利用Cross match等软件过滤掉载体序列、polyA/T和过短或过长的低质量序列,经CAP3软件拼接后获得非冗余EST,然后用在线软件SSRIT从这些序列中查找SSR,采用primer5.0软件设计SSR引物,并进行PCR扩增,对引物适用性进行评价。结果表明,截止2013年5月,NCBI数据库共有海蓬子相关EST序列1 439条,经软件处理后获得无冗余EST序列1 139条,总长542 084 bp,从这些序列中搜索到210个SSR,分布于167条EST中,出现频率为14.66%。SSR平均分布距离为2.58 kb,平均长度为14.56 bp;三核苷酸重复是主导类型,占ESTSSRs总数的40.95%,其次为四核苷酸和五核苷酸重复,分别占29.52%和13.33%;二核苷酸占11.90%,六核苷酸最少,仅占4.29%。在所有类型的重复基元中,ACT/AGT类型最多,占10.95%,其次为AAT/ATT和ACG/CGT,分别占8.10%和6.67%。随机挑选了30个SSR位点,根据其两侧保守序列,设计并合成了相应的EST-SSR引物,对海蓬子DNA进行PCR检测分析,结果有14对引物获得了清晰的条带,进一步将其中的5对引物对10个样本小群体进行了验证,结果显示有较好的多态性。该研究结果表明海蓬子EST序列中含有高频率的SSR位点,ESTSSR标记开发效率较高,为进一步开展海蓬子分子标记研究提供了一批适用的EST-SSR引物。
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