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公文流转作为办公自动化中重要环节，其安全性问题非常重要。公文流转的安全性主要有保密性、完整性、不可否认性和可审查性等。通过对公文处理人员赋予一定的角色以及该角色所拥有的权限来实现公文流转过程中的不可非法操作性；通过系统自动发送回执的功能保证公文的不可否认性；通过对公文设置多个域和保存多个副本的方式保留公文的修改痕迹，通过加盖电子签章保证公文的不可事后修改。