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除热源有两种方法，一是分离热原；二是灭活热原。前一种方法包括常用的蒸馏、冲洗、超滤、反渗、吸附、层析等，这一类方法一般较温和，除了蒸馏须较高温度外。其他方法一般都在室温或更低的温度下进行。后一类方法则较剧烈，须用酸、碱、氧化剂、烷化剂等处理或者180℃以上的干热。其中干热法因其不会引入其他杂质进入产品中，而且条件易于控制，在现代制药工业中被普遍应用于耐热的玻璃包装材料等的除热源，特别是隧道式灭菌除热源系统使用后更可使生产过程自动化连续进行。