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采用我国31个省、直辖市、自治区高校科技情况2003-2009年的统计数据，验证高校在我国区域创新系统中的主体有效性。研究发现高校数量与区域创新系统绩效成正比，而增长量与区域创新系统绩效之间的关系并不显著。采用阶层回归分析法对高校科技产出的影响因素进一步研究，发现政府对高校的科技经费支出具有显著影响，高校参加国际研发合作也能有效提升自身科技水平，同时还发现东部地区学校的科技水平明显高于西部地区。研究结论将为我国的教育资源配置和学校科技活动管理提供参考。