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黑龙江八一农垦大学工程学院前身为农业机械化系，是成立最早的院系之一。经过46年的发展建设，工程学院已经具备培养工学硕士、学士、高职专科等多层次人才的能力。目前，学院设有农业机械化工程和机械设计及理论两个硕士学科；农业机械化及其自动化、机械设计制造及其自动化、土木工程、建筑环境与设备工程、交通运输、工业设计等6个本科专业，农业机械化、汽车运用与维修、工程监理、建筑工程技术、机械制造与工艺、数控加工技术、机电一体化等高职专业。