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目的分析重庆地区乙型肝炎病毒(HBV)感染人群中HBV基因型的群体差异,以及不同的基因型种类与患者临床特征之间的关系,为重庆地区乙型肝炎诊断、治疗和预防提供理论依据。方法采集重庆8个地区768例HBV感染者血清样本及其临床诊疗历史数据,PCR提取目的基因,采用直接测序法分析获得的HBV S基因序列,运用NCBI在线软件及MEGA6.0软件分析每例HBV样本的基因型种类,使用多种生物信息分析软件对S基因突变位点进行分析,探讨基因型情况与临床特征及S基因突变三者间的相关性。结果重庆地区HBV感染者中,B和C基因型在年龄、性别、临床用药及HBV DNA载量方面差异无统计学意义(P>0.05);HBV感染者中丙氨酸氨基转移酶(ALT)异常值(>40U/L)比例方面C基因型明显高于B基因型,HBeAg阳性率方面C基因型明显高于B基因型,差异均有统计学意义(P<0.05);肝硬化/肝细胞癌组中C基因型比例显著高于无症状HBV携带者组和慢性乙型肝炎组,与之相应的B基因型在无症状HBV携带者组和慢性乙型肝炎组的比例高于肝硬化/肝细胞癌组,差异均有统计学意义(P<0.05)。B和C基因型HBV S基因不同细胞表位均存在大量突变,C基因型的多突变率高于B基因型,差异有统计学意义(P<0.05)。结论重庆地区B基因型为优势基因型;C基因型比B基因型具有更强的致病力和更高的多突变率,且容易引起肝硬化及肝细胞癌。