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随着生物技术进入实用化、商品化阶段，它的负面影响也开始显现出来。转基因技术便是一例，它可以造福于人类，但同时也带来一些新问题，其中以转基因农作物的安全性问题最为突出。这个问题已经在美、欧和日本引发广泛争论，并且受到各有关国家政府的高度重视。
英国的权威科学杂志《自然》今年5月刊登了美国康奈尔大学副教授约翰·罗西的一篇论文，引起世界关注。论文说，抗虫害转基因玉米“BT玉米”的花粉含有毒素，蝴蝶幼虫啃食撒有这种花粉的菜叶后会发育不良，死亡率特别高。有消息说，在美国艾奥瓦州进行的野外试验也获得了同样的结果。科学家认为，植入BT基因使玉米能够产生杀伤害虫的物质，从而具有抗虫害能力，但也因此而具有了毒性，可能对生态环境造成不利影响。
1998年夏天，英国罗伊特研究所的普斯陶伊教授在电视节目中说，他的一项未经发表的实验证明，幼鼠食用转基因土豆，会使内脏和免疫系统受损。今年5月，英国皇家学会宣布，普斯陶伊的研究“充满漏洞”，从中不能得出转基因土豆有害生物健康的结论。尽管如此，普斯陶伊的这项研究结果已经流入社会，在英国乃至全世界引发了关于转基因食品安全性的大讨论。
此外，丹麦国立利索研究所1996年发表的论文说，把耐除草剂的转基因油菜籽和杂草一起培育，结果产生了耐除草剂的杂草，这表明通过转基因技术产生的基因可扩散到自然界中去。美国亚利桑那大学等机构发表的报告称，已经发现一些昆虫，吃了抗害虫转基因农作物也不死亡，因为它们已经对转基因作物产生的毒素具备了抵抗力。美国伦理和毒性中心的实验报告则说，与一般大豆相比，耐除草剂的转基因大豆中，防癌的成分异黄酮减少了。
转基因技术使人类可以对生物生命进行“任意修改”。科学家担心，由这种技术创造出来的新型遗传基因和生物可能会有害于人类。它们可能对生态环境造成新的污染，即所谓的遗传基因污染，而这种新的污染源很难消除。转基因农作物和以此为原料制造的转基因食品对人体的影响也尚未定论。目前，转基因农作物的安全性问题在日、美、欧等地已经成了一个社会问题，消费者团体掀起了相当规模的反对转基因农作物和食品的运动。
各国政府对此问题高度重视。在转基因技术最发达的美国，国家科学院正在就转基因农作物的安全性问题进行调查，预计今年秋天作出结论。欧盟国家6月份决定，在新的法规制定出来之前，暂停转基因农作物的种植和流通。大豆生产大国巴西不久前也宣布，暂时停止生产转基因大豆。日本政府有关部门也表示，将重新研究和制定针对转基因农作物的新的安全评估标准和项目。
和现代任何一种技术一样，转基因技术也具有两面性。因此，在发展转基因技术等生物技术时，应该扬长避短，趋利避害。