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扩增片段长度多态性（AFLP）是建立在RFLP基础上的选择性聚合酶链反应（Polymerase Chain Reaction．PCR），它的基本原理是对基因组DNA进行限制性内切酶酶切，将人工合成的特定双链接头连在这些片段的两端，形成一个带接头的特异片段，用这些特异片段为扩增反应模板，通过接头序列和PCR引物3’一端选择性碱基的识别，