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与其它药物一样,环孢霉素A也有许多副作用,主要是肾毒性和淋巴瘤。尚有肝功能损害、多毛症、牙龈增生等。骨髓移植患者还可出现高血压、液体潴留,儿童偶见惊厥。一般来讲、这些副作用较轻,与使用剂量有关。因此,对环孢霉素A的临床用量进行监测,即应用放射免疫方法(RIA)或高效液体层析(HPLC)测定环孢霉素A血清或血浆水平能使我们选择疗效较好而毒性最小的最佳用药剂量。