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在经济改革的不断深化和社会主义市场经济的建立发展过程中，事业单位的内外环境发生了根本变化，它的服务对象、服务方法也必然要发生很大的变化，它取得资金的渠道也应与过去有较大的区别。目前由于种种主客观原因，事业单位在财务管理、会计核算工作中不同程度地存在着不规范现象。
一、事业单位财务管理存在的主要问题
（一）财务管理职能发挥较弱，资金使用效益低下
部门预算不规范，经费相互挤占，费用支出无计划、无定额，或是有计划定额但流于形式。财务部门对经费的管理常常是事后核算，忽视了资金使用前的预测和使用中的控制，对经费收支的考核也只是停留在表面平衡上，对资金使用效益进行考核，是在事后。
（二）财务管理的制度不健全
事业单位的财务管理制度的不健全主要表现在缺乏系统完整、规范合理的内部控制制度体系。
1．大部分事业单位对财务管理的重视程度不够。在实际工作中由领导说了算，财务部门仅仅充当“出纳员”的角色，资金管理凭领导个人意图操作。此外，对会计内部控制不重视，只要按规定编好预算、取得资金和使用资金便可以了，而忽视加强对单位财务会计的内部管理。
2．内控制度不健全。很多单位尚未制定系统规范的财务管理和会计内控制度，包括经费开支标准、业务流程等，在实际操作中仅凭经验、惯例，或者是口头不成文的规定办事，管理的随意性较大。
3．人员配备、岗位分工不合规定。违反《会计法》规定，有些会计人员或其会计主管人员连会计从业资格证书都没有取得。还有一些单位没有按照要求实行不相容岗位的分设，造成职责不清，甚至出现会计、出纳工作由同一个人担任的现象。
（三）事业单位的会计核算存在缺陷
其主要表现在：
1．预算会计是以实现制为基础，其目的是汇报支出，为决算服务，它不进行成本核算，无法评价资金的使用效益。
2．有的预算单位对项目支出的核算不区分不同的专项项目资金，统一使用规定的事业单位的科目核算，不利于专项项目资金的管理；而有的单位则只按专项项目归集各项费用，不按科目核算，不利于单位各项费用的整体控制管理。
3．现行预算单位会计制度在会计科目的设置和核算内容上，与部门预算编报口径不一致；一般预算支出科目与事业单位科目不一致，导致在编制决算时，预算单位必须将会计科目合并或拆分后才能得出决算科目。
（四）事业单位在预算的编制和执行方面，缺乏应有的准确性、约束力和严肃性
1．在编制部门预算时，是停留在自己既得利益上，力争在上年基数上有所增长，实际工作中没有按零基预算进行编制，影响了部门预算编制的准确性。
2．有的预算单位在资金使用中，支出控制不严，超支浪费现象严重。
3．有的预算单位在项目支出资金管理使用中，基本支出和项目支出界定不清，用项目支出来弥补基本支出经费的不足，用于维持日常公用支出，没有做到专款专用。
4.有的预算单位在专项资金使用过程中，重拨款而轻管理，重预算审核而轻实际效果，对项目资金实际使用绩效缺乏有效的监督和考核。
二、事业单位财务管理存在问题的原因
（一）事业单位在部门预算编制中存在缺陷
1．虽然财政部门要求部门预算编制采用零基预算法，但在实际操作过程中，基数法仍普遍被沿用，在很大程度上直接影响了资金的使用效率。
2．部门预算编制在项目支出的细化程度、基本支出定额制定的科学性等方面做得不够，为某些单位挪用资金、铺张浪费留下了隐患。
3．部门预算编制不够严谨，在安排项目支出预算时人为因素较多，存在一定的随意性和盲目性，导致在预算执行过程中调整预算比较普遍，影响了预算的严肃性。
（二）相关的事业单位会计制度、财务管理制度不配套
最近几年，我国陆续推出了一系列財政支出方面的改革，但现行事业单位会计制度并未因此进行相应的改革，会计制度滞后于会计实务的情况越来越突出。
三、加强和完善事业单位财务管理的建议
（一）加强财务制度建设，建立和完善内部控制体系
1．强化内控意识。首先，单位领导提高认识，带头学习有关财政、财务会计和内部会计控制基本规范等法律、法规，支持财务部门开展工作。其次，会计人员要提高自身素质。再次，相关部门要强化内控意识，与财务部门共同承担内控责任。
2．加强内部控制环境建设。一是对单位内各部门定岗定责，明确分工，坚持不相容职务的分离，互相牵制，以达到会计内控的效果。二是建立适合本单位业务特点和管理需要的内部会计控制制度，并在实施中规范财务流程，提高会计信息质量。进一步完善预算控制、财产保全控制、会计系统控制、内部报告控制等。规范单位财务审批程序和制度，坚持集体领导下的“一支笔”审批制度。三是加强内部监督，及早发现问题。内审部门对单位内控的执行、财务管理情况进行检查和监督。单位上级主管部门要切实履行对下属预算单位财务工作指导、管理和监督的职能，定期不定期地进行财务检查，促进财务管理整个系统水平的提高。
（二）完善部门预算，提高财务管理的计划与预测能力，尽快推广国库集中支付制度的改革，建立科学的部门预算
1．加强基本支出预算的定员、定额体系建设，规范定额内容、合理定额标准。
2．加强项目经费预算管理。
3．细化部门预算，防止出现无具体内容的项目预算或者应在公用经费中列支的项目重复在项目经费中安排的现象，有利于预算的执行和监督。
（三）进行预算会计制度改革
1．按照公共财政管理的要求，建立起规范、统一的预算会计体系，同时将权责发生制引入预算会计。
2．推进预算收支科目改革，对现行事业单位会计制度中不适应部门预算改革需要的科目进行修订，为管理提供有利的基础条件。
一、事业单位财务管理存在的主要问题
（一）财务管理职能发挥较弱，资金使用效益低下
部门预算不规范，经费相互挤占，费用支出无计划、无定额，或是有计划定额但流于形式。财务部门对经费的管理常常是事后核算，忽视了资金使用前的预测和使用中的控制，对经费收支的考核也只是停留在表面平衡上，对资金使用效益进行考核，是在事后。
（二）财务管理的制度不健全
事业单位的财务管理制度的不健全主要表现在缺乏系统完整、规范合理的内部控制制度体系。
1．大部分事业单位对财务管理的重视程度不够。在实际工作中由领导说了算，财务部门仅仅充当“出纳员”的角色，资金管理凭领导个人意图操作。此外，对会计内部控制不重视，只要按规定编好预算、取得资金和使用资金便可以了，而忽视加强对单位财务会计的内部管理。
2．内控制度不健全。很多单位尚未制定系统规范的财务管理和会计内控制度，包括经费开支标准、业务流程等，在实际操作中仅凭经验、惯例，或者是口头不成文的规定办事，管理的随意性较大。
3．人员配备、岗位分工不合规定。违反《会计法》规定，有些会计人员或其会计主管人员连会计从业资格证书都没有取得。还有一些单位没有按照要求实行不相容岗位的分设，造成职责不清，甚至出现会计、出纳工作由同一个人担任的现象。
（三）事业单位的会计核算存在缺陷
其主要表现在：
1．预算会计是以实现制为基础，其目的是汇报支出，为决算服务，它不进行成本核算，无法评价资金的使用效益。
2．有的预算单位对项目支出的核算不区分不同的专项项目资金，统一使用规定的事业单位的科目核算，不利于专项项目资金的管理；而有的单位则只按专项项目归集各项费用，不按科目核算，不利于单位各项费用的整体控制管理。
3．现行预算单位会计制度在会计科目的设置和核算内容上，与部门预算编报口径不一致；一般预算支出科目与事业单位科目不一致，导致在编制决算时，预算单位必须将会计科目合并或拆分后才能得出决算科目。
（四）事业单位在预算的编制和执行方面，缺乏应有的准确性、约束力和严肃性
1．在编制部门预算时，是停留在自己既得利益上，力争在上年基数上有所增长，实际工作中没有按零基预算进行编制，影响了部门预算编制的准确性。
2．有的预算单位在资金使用中，支出控制不严，超支浪费现象严重。
3．有的预算单位在项目支出资金管理使用中，基本支出和项目支出界定不清，用项目支出来弥补基本支出经费的不足，用于维持日常公用支出，没有做到专款专用。
4.有的预算单位在专项资金使用过程中，重拨款而轻管理，重预算审核而轻实际效果，对项目资金实际使用绩效缺乏有效的监督和考核。
二、事业单位财务管理存在问题的原因
（一）事业单位在部门预算编制中存在缺陷
1．虽然财政部门要求部门预算编制采用零基预算法，但在实际操作过程中，基数法仍普遍被沿用，在很大程度上直接影响了资金的使用效率。
2．部门预算编制在项目支出的细化程度、基本支出定额制定的科学性等方面做得不够，为某些单位挪用资金、铺张浪费留下了隐患。
3．部门预算编制不够严谨，在安排项目支出预算时人为因素较多，存在一定的随意性和盲目性，导致在预算执行过程中调整预算比较普遍，影响了预算的严肃性。
（二）相关的事业单位会计制度、财务管理制度不配套
最近几年，我国陆续推出了一系列財政支出方面的改革，但现行事业单位会计制度并未因此进行相应的改革，会计制度滞后于会计实务的情况越来越突出。
三、加强和完善事业单位财务管理的建议
（一）加强财务制度建设，建立和完善内部控制体系
1．强化内控意识。首先，单位领导提高认识，带头学习有关财政、财务会计和内部会计控制基本规范等法律、法规，支持财务部门开展工作。其次，会计人员要提高自身素质。再次，相关部门要强化内控意识，与财务部门共同承担内控责任。
2．加强内部控制环境建设。一是对单位内各部门定岗定责，明确分工，坚持不相容职务的分离，互相牵制，以达到会计内控的效果。二是建立适合本单位业务特点和管理需要的内部会计控制制度，并在实施中规范财务流程，提高会计信息质量。进一步完善预算控制、财产保全控制、会计系统控制、内部报告控制等。规范单位财务审批程序和制度，坚持集体领导下的“一支笔”审批制度。三是加强内部监督，及早发现问题。内审部门对单位内控的执行、财务管理情况进行检查和监督。单位上级主管部门要切实履行对下属预算单位财务工作指导、管理和监督的职能，定期不定期地进行财务检查，促进财务管理整个系统水平的提高。
（二）完善部门预算，提高财务管理的计划与预测能力，尽快推广国库集中支付制度的改革，建立科学的部门预算
1．加强基本支出预算的定员、定额体系建设，规范定额内容、合理定额标准。
2．加强项目经费预算管理。
3．细化部门预算，防止出现无具体内容的项目预算或者应在公用经费中列支的项目重复在项目经费中安排的现象，有利于预算的执行和监督。
（三）进行预算会计制度改革
1．按照公共财政管理的要求，建立起规范、统一的预算会计体系，同时将权责发生制引入预算会计。
2．推进预算收支科目改革，对现行事业单位会计制度中不适应部门预算改革需要的科目进行修订，为管理提供有利的基础条件。