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自然界的微生物群落是一个复杂而多样的生物群体，正常哺乳动物的胃肠道中栖息着约400多种细菌。在分子生物学技术出现之前，人们对微生物的认识大多数是靠传统的微生物学方法，但由于微生物形态简单，缺乏明显的外部特征，使得显微镜直接形态观察仅能获得部分信息。而传统培养计数方法的直用有一定的局限性，因为肠道微生物有90％以上是严格厌氧菌，