【摘 要】
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目的 利用生物信息学分析差异表达基因,结合临床生存分析,探讨肝细胞癌(HCC)中的关键基因、miRNA及免疫浸润.方法 通过GEO数据库获取5张芯片(GSE14520、GSE84598和GSE844023张基因芯片和GSE98269、GSE575552张miRNA数据芯片),筛选差异表达基因(DEGs)和差异miRNA(DEMs);Cytoscape3.7.1软件搭建DEGs的PPI网络并筛选关键基因;对关键基因进行GO功能分析、KEGG通路富集分析、表达水平验证和免疫组化分析、病理分期关系和患者生存分析
【机 构】
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遵义医科大学 生物化学教研室,贵州 遵义 563099
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目的 利用生物信息学分析差异表达基因,结合临床生存分析,探讨肝细胞癌(HCC)中的关键基因、miRNA及免疫浸润.方法 通过GEO数据库获取5张芯片(GSE14520、GSE84598和GSE844023张基因芯片和GSE98269、GSE575552张miRNA数据芯片),筛选差异表达基因(DEGs)和差异miRNA(DEMs);Cytoscape3.7.1软件搭建DEGs的PPI网络并筛选关键基因;对关键基因进行GO功能分析、KEGG通路富集分析、表达水平验证和免疫组化分析、病理分期关系和患者生存分析;并评估关键基因在肝癌组织中的免疫浸润表达情况,预测miRNA并与miRNA芯片取交集.结果 筛选出164个DEGs,GO富集于细胞周期、视黄酸受体信号通路的调控等生物学过程,KEGG信号通路涉及卵母细胞减数分裂、p53信号通路等,10个关键基因在HCC组织中表达存在差异,并与肝癌总体生存期、无病生存期、临床分期和免疫浸润相关,经miRDB数据库预测得到132个miRNA.结论 CDK1、CCNB1、NDC80、TOP2A、KPNA2、BIRC5、AURKA、CYP3A4、TAT和ESR1可作为HCC的潜在生物学标记物,HCC的关键分子机制可能是p53信号通路,hsa-miR-224-5p、hsa-miR-144-3p、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-130a-3p及hsa-miR-22-3p是HCC关键的miRNA.
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