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近年来辣椒常规育种取得了很大的成就，但随着种质资源的不断利用，新品种选育越来越需要借助分子育种手段来提高育种效率，创造常规方法难以实现的新种质。至今辣椒的分子育种已经取得了重要进展。对辣椒分子连锁图谱构建、质量性状分子标记、数量性状QTL分析、分子标记辅助选择、从辣椒中分离的基因和转基因等方面的研究成果和最新进展进行了综述，并指出了当前分子育种中存在的问题及今后的研究方向。