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规范措施
2008年，一件普通的受贿案，触动上海检察机关开展了以法律服务为载体的专家型人才职务犯罪预防工作。而《科研经费管理和监督中存在的若干问题及对策研究》（本文内容节选自这一课题），是由上海市人民检察院专家服务专业研究小组和上海市教卫纪工委联合完成，是检察预防服务专家型人才的延伸和深化。
随着国家投入科研的经费逐年增加，高校所获得的科研经费总量也在不断提升，对监督工作而言也面临新的应对。加强高校科研经费监管工作，是指通过强化对科研经费使用情况的规范化管理，保证科研经费使用的合法性、合理性和效益性，最终促进高校科研工作的持续、高效、健康发展。
加强培训，提升认识水平
目前部分高校科研人员对科研经费的性质存在认识误区，应通过学习培训使其认识到位。具体而言在自上而下落实相关制度的基础上，增强科研人员的经费管理和接受监督的意识，认识到规范预算和支出是提高科研绩效、规避廉政风险的前提，在思想上认同科研经费公有和经费使用自律的科研伦理观念。通过培训使科研人员在编制预算和支出经费时，能够总体把握各项开支的合理性和合规性，了解重要财务事项，预知可能的管理风险及其后果，同时提高相关科研团队的内部财务管理水平，主动配合科研、财务等职能部门的管理、考核工作。
除此以外，也要加强高校的监管责任意识，高校作为课题依托单位不应置身事外，科研经费对高校而言既是荣誉也是责任。
完善制度，打好监管基础
长远来看，高校科研经费监管的法律规定应系统化，并提升其效力位阶。科研经费管理法律位阶仍然相对较低。除《科技进步法》对科技投入做出了原则性规定外，科研经费管理相关法律制度均以部门管理办法、管理意见等形式颁布，未能上升至法律、法规层次，权威性不够，影响力不大。
就目前来看，现有的行政规范性文件起到了探索和试错的作用，为将来向规章或法规过渡打下了基础。因此现阶段的首要任务是完善行政规范性文件，为加强高校科研经费监管打好制度基础。
同时，要增强不同管理规定之间的协调性。建议国家相关部门在梳理现有政策的基础上，制定统一的管理政策。特别是科研人员关注的人员费用、预算调整的比例、结题后结余费用的使用、科研经费的审计费用等等，在国家层面有个统一的规定，然后各个高校根据实际制定实施细则，减少因制度繁杂所带来的执行成本。
重视预算，实现全程监管
预算监管涵盖了从课题申请、立项到结题的全过程，是一个系统工程，具体可采取以下五项措施。
措施一：优化预算管理宏观构架。学校按照上位规章制度及其精神，结合自身实际情况，完善学校内部配套管理办法，健全各类科研项目的经费预算内部管理制度，形成政府主管部门、校内职能部门、项目负责人各负其责、密切配合的科研项目工作架构。
措施二：管理要素介入预算与支出过程。学校应当将相关管理要素介入科研项目的预算与支出过程，在完善机构设置的基础上，建议高校进一步提高相关管理要素介入预算与支出的科技含量，变事后管理为事前服务、事中规范、事后考核相结合的全程绩效管理。由财务、科研部门牵头，与科研团队共同完善全校科研经费信息化管理系统，对科研项目经费情况进行实时研究分析，提出操作性强的建议和指令，推动同类项目申报工作同步提高，提升全程控制力。
措施三：完善预算和支出的微观管理。学校应当对所取得的各类科研经费，不论经费来源渠道，均列为学校收入，纳入学校财务部门统一管理、集中核算，确保科研经费专款专用。在遵循各级政府（部门）有关科研经费管理规定的前提下，高校应当细化制订切实可行、方便操作的支出管理办法，进一步明确学校科研、财务等部门及项目负责人在科研经费使用与管理中的职责和权限，真正做到各负其责，密切配合。
措施四：加强科研经费的专门监督。要与学校内部经济责任制、党风廉政责任制等抓手相结合，一级抓一级，层层抓落实。要加强审计部门对科研经费的日常监督和不定期审计，以便及时发现、解决科研经费使用中的问题，防止虚假预算和不实支出套取科研经费。同时高校监察部门的科研经费监察工作，除对票据合法性进行审核外，还应对经费预算执行的合法性、效能性进行监督。
措施五：制定容忍期限统一处置结余经费。科研项目结题验收时，科研拨款部门可根据需要组织专家或委托中介机构进行专项财务检查或评估。对于拨款单位，建议先将项目结余经费全额收回，对项目执行情况或财务检查考核良好的按比例下拨到原项目承担部门，统筹用于相关科研工作，对于存在科研经费严重违规问题的，结余经费不再下拨。高校科研项目结束或通过验收，科研管理部门应及时通知财务部门，防止未结科研项目越来越多。项目负责人应积极配合财务部门及时办理科研项目结账手续，避免结余经费长期挂账。
挖掘潜能，鼓励内部合作
在项目立项初期，科研部门可主动邀请财务人员参加经费预算的编制，让财务人员熟悉项目内容和经费的组成情况，便于今后做好相应的管理工作。科研部门接到下达的项目合同书后，要及时通知财务部门关注经费到账情况，并送达一份合同书复印件到财务部门，以便于做好经费与项目的对接和经费上账管理工作。财务部门预先收到经费的，要及时与科研部门取得联系，落实项目合同与经费的对应关系，以便于科研部门人员按项目做好合同进度管理工作。
因投资方对于不同的科研项目有不同的管理要求，科研部门要配合财务部门弄清楚项目经费的来源渠道和经费组成结构。财务部门要配合科研部门做好项目合同管理工作，一起分析和完善该项目的具体管理办法，明确经费允许开支的范围和额度。
创新机制，引入外部监管
在科研经费监管问题上，内部监管固然重要，外部监管同样必不可少。更进一步说，外部监管制度的建立可以促进内部监管制度充分发挥作用。目前已有的外部监管制度极不完善，在现阶段应创新机制，着力建设以外部审计、诚信档案与信息公开三项制度为主体的高校科研经费外部监管制度体系。
首先，建立外部审计制度。要引入“内审外部化”机制，从校外聘请专业人员履行内部审计职能，形成以校内审计部门、注册会计师审计机构、国家审计机关三种力量组合的审计主体，提高校内审计的独立性，提升审计质量。
其次，建立诚信档案制度。要借鉴国外经验引入承诺与信用管理机制，从制度上强化科研人员合规自律意识。在申报过程中项目承担单位分管领导、项目负责人签署承诺书，承诺其预算和支出的科学性、合理性和完整性；主管部门对项目承担单位、项目负责人等在经费管理方面的信誉度建立具有一定奖惩性质的信用记录，长期执行培养科研人员诚信自律的行为取向。
最后，建立信息公开制度。在外部监管方面应当调动可靠的第三方力量来参与这项工作，探讨建立高校科研经费信息公开制度。同时必须结合各高校实际，可考虑先在高校内部试行，然后逐步推广到整个系统，最终面向全社会公开。
细化规定，推行分类监管
高校科研经费的来源主要有三方面：一是行政主管部门及各行业主管部门下拨的纵向科研经费，主要来自国家财政拨款，各主管部门都制定了科研经费的专门管理办法；二是学校与相关企事业单位进行科研合作、科技咨询或科研成果转让所获得的横向科研经费；三是高校自筹科研经费。其中前两种在整个高校科研经费中占主体地位。纵向科研经费主要来自国家财政拨款，因此其支出过程必须受到严格监管，而横向科研经费则与此不同。
横向科研经费主要来自企事业单位，高校与企事业单位本着平等自愿的原则签订委托协议，前者提供科研成果，后者提供经费报酬。只要前者提供的科研成果符合后者要求，后者一般不会过问科研经费的使用情况。由此，部分高校及高校科研人员就存在一种困惑，即横向科研经费是否应该监管以及该如何监管。我们认为，应当肯定对高校横向科研经费进行监管的必要性，因为这种横向科研委托合同的性质并非纯粹的民事合同，高校不仅是课题依托单位，更是合同中的乙方，要切实履行相应的监管职责。同时对高校横向科研经费的监管应在一定程度上区别纵向科研经费，在预算的编制和执行方面可以尝试探索更灵活的机制。
除了以上主要措施外，还有其他一些改进措施值得注意。比如建立事前的防范预警机制，建立事后的责任追究机制。对于前者，上海检察机关已着手开始深入研究；对于后者，除了一般的民事、行政追责制度外，刑事追责制度所独有的强大震慑力也是必不可少的。
（上海市人民检察院、上海市教卫纪工委联合课题组，《高校科研经费管理和监督中存在的若干问题及对策研究》节选，2013年）