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HLA-Ⅱ类抗原在免疫应答和免疫调节中具有重要作用,其表达调节主要发生在转录水平上.在它的启动子区内存在W盒、Y盒、X盒等顺式作用元件,调节HLA-Ⅱ类抗原的表达.HLA-Ⅱ类抗原启动子区具有的高度多态性,也可通过多种途径影响HLA-Ⅱ基因的表达.肿瘤细胞可异常表达HLA-Ⅱ类抗原,干扰素、启动子多态性、CⅡTA、RB蛋白等多种因素影响其表达.