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为了具体分析中央级农业科研单位保障经费的投入现状和实际需求现状。运用文献分析法和定量分析法，对“三院”2006--2008年的财政拨款的投入结构、实际支出结构、需求结构以及三者的差异进行比较。结果表明：目前中央级农业科研单位保障经费投入总量严重不足、投入结构不合理，经费需求与财政拨款基本保障方面存在极大差距，矛盾突出，成为严重制约农业科技创新的瓶颈。为此，提出明确中央级农业科研单位的主体地位，加大对其经费投入力度，合理调整基本支出和项目支出的投入比例，完善农业科研单位的养老医疗保障体系等建议。