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我国财政科技投入计划与WTO《补贴与反补贴措施协议》存在冲突,部分财政科技投入计划定位模糊,职能交叉重复,财政科技投入分散,计划结构不合理,公益性科技财政投入计划和产业共性技术财政投入计划地位不够突出。我国应当建立符合国际规则、定位科学、适当适度、职能清晰、结构合理、层次分明的财政科技投入计划体系。