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肠道菌群的数量十分庞大，2010年《自然》（Nature）杂志发表的一篇文章指出，正常成年人的肠道中存在数以亿计的细菌，为保持人类健康发挥着举足轻重的作用，主要可以归纳为代谢和保护两方面。前者主要与营养学相关，而后者则主要与免疫学相关。肠道菌群对于营养物质的消化和吸收十分重要，能够为机体提供短链脂肪酸（SCFA）、维生素及其他必需微量元素，并可促进胆汁酸代谢、降解纤维素。而保护作用则主要体现在正常菌群定植、改善肠粘膜屏障效应、维持肠道免疫稳态、降低过敏反应等。新生儿从无菌的子宫进入到充满了各种微生物的外界环境，在出生后的第一个小时就开始了肠道的细菌定植过程，这一过程受到分娩方式、喂养类型、胎龄、婴儿住院治疗及抗生素使用等相关因素的影响。