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分子的电离模式对它在质谱仪中的行为有着强烈的影响因而对由其质谱图所能得到的信息也会有很大影响。在化学电离中,气体反应剂,例如甲烷首先是被电子轰击电离。然后,在离子—分子反应中生成的离子,尤其是[CH_5]~+,[C_2H_5]~+和[C_3H_5]~+在快速的酸/碱型(fast acid/base type)反应中与物质M起化学反应而生成