【摘 要】
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为了研究CTNNBIP1和ICMT基因共表达在膀胱尿路上皮癌中的作用及对患者预后的诊断价值,本研究选取癌症基因组图谱(TCGA)数据库中412例膀胱尿路上皮癌数据资料,利用cBioPortal
【基金项目】
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重庆市永川区自然科学基金(Ycstc,2016nc5010)资助
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为了研究CTNNBIP1和ICMT基因共表达在膀胱尿路上皮癌中的作用及对患者预后的诊断价值,本研究选取癌症基因组图谱(TCGA)数据库中412例膀胱尿路上皮癌数据资料,利用cBioPortal数据库对膀胱尿路上皮癌CTNNBIP1基因、ICMT基因及其共表达基因作生存分析,将Pearson和Spearman相关系数均大于0.3的基因定义为中等程度以上共表达相关的基因。通过String数据库获取这些基因共表达的互作关系组。采用DAVID数据库、GO数据库、KEGG数据库分别对其进行信号通路和功能分析,生物学过程聚类分析,信号通路聚类分析。结果显示:TCGA数据库中的膀胱尿路上皮癌患者CTNNBIP1和ICMT存在共表达(Pearson相关系数=0.46和Spearman相关系数=0.47)。String数据库显示基因共表达有38组具有互作关系。KEGG数据库显示CTNNBIP1-ICMT基因共表达所富集的信号通路集中在细胞周期(p<0.05)。DAVID数据库分析其功能主要为调节细胞生长和有丝分裂、负性调控Wnt信号通路、蛋白激酶结合等。生存分析证实CTNNBIPI1和ICMT基因共表达与患者总生存率显著相关(p=0.002 72),CTNNBIPI1和ICMT共表达阳性患者的预后最差。由此得出结论:CTNNBIP1和ICMT在膀胱尿路上皮癌中存在共表达,对CTNNBIP1-ICMT基因共表达网络和生物信息学分析,可找到其在膀胱尿路上皮癌中的作用及信号通路,为深入研究膀胱尿路上皮癌的发病机制提供了理论基础,可提高膀胱尿路上皮癌患者的预后。
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