【摘 要】
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用Illumina HiSeq测序平台技术,对光皮树叶片进行转录组测序分析,经组装获得36 839条Unigene,与NR、String、 Swissprot、KEGG等数据库进行比对注释,25 857条Unigene得到注释
【机 构】
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中南林业科技大学生命科学与技术学院,长沙,410002;湖南省林业科学院生物能源研究所,长沙,410004;湖南省龙山县林业局,湘西,416800;北京林业大学生物科学与技术学院,北京,100083
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用Illumina HiSeq测序平台技术,对光皮树叶片进行转录组测序分析,经组装获得36 839条Unigene,与NR、String、 Swissprot、KEGG等数据库进行比对注释,25 857条Unigene得到注释,注释率为70.09％.光皮树叶片转录组Unigene在Pfam、NR、String、 Swissprot、KEGG、KOG、GO等数据库中被注释的基因数目分别为14 776、25 758、13 761、16 900、10 575、9 656、15 286.注释结果显示,光皮树与葡萄同源的序列最多,GO和KOG将其分成3大类别58个小组和3个功能类别;根据KEGG,13 114条Unigene参与了33类代谢途径.采用软件MISA对Unigene进行SSR检测,36 839条中有8 945条有SSR,共搜索到10 828个SSR位点,SSR长度范围在10～329 bp,平均长度为22.69bp.SSR丰富度最高为二核苷酸,占所有SSR的58.07％,其次为一核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR的27.02％和13.36％.本研究,通过光皮树叶片转录组测序,获得了大量基因序列,了解了光皮树基因的大致表达情况,同时为今后开发和利用光皮树、分子生物学标记、光皮树基因组的测序与组装提供了数据参考,也为后续光皮树在分子生物学研究、光皮树核心种质构建以及定向育种等领域提供了依据.
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