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为开发适用于空心李的目的基因SSR分子标记.基于空心李果实中果皮转录组测序数据,利用Trinity软件组装45 389条Unigene,其中32 822条获得功能注释.通过KEGG代谢通路分析发现817条Unigene与碳水化合物代谢相关.利用MISA软件在所有Unigene中共检测到9 797个SSR位点,分布于7 963条Unigene中,其占总Unigene数的17.54％.优势重复基序为二核苷酸(占总SSR位点数的40.57％)、单核苷酸(39.34％)和三核苷酸(18.58％).AG/CT是二核苷酸中最多的重复类型(32.40％),三核苷酸重复类型以AAG/CTT为主(5.87％).根据已注释的与果实品质(大小,糖和酸合成等)相关Uningene序列,挖掘到47个目的基因SSR分子标记,以‘李子王30号’空心李种质叶片基因组DNA为模板对这些SSR标记进行有效性验证,39对引物能扩增出清晰条带,其中11对引物在5份不同空心李种质中表现出多态性.开发的空心李目的基因SSR标记为空心李种质遗传多样性分析、指纹图谱构建和果实品质性状关联分析提供有效标记.