【摘 要】
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利用LINE简并引物从中原牡丹品种‘洛阳红’中扩增出580 bp左右的目的条带,对其回收、克隆、测序及相关生物信息学软件分析后获得32条LINE类牡丹反转录转座子RT(反转录酶)序
【机 构】
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河南科技大学农学院,河南科技大学林学院,河南省高校牡丹工程技术中心,
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利用LINE简并引物从中原牡丹品种‘洛阳红’中扩增出580 bp左右的目的条带,对其回收、克隆、测序及相关生物信息学软件分析后获得32条LINE类牡丹反转录转座子RT(反转录酶)序列。这些序列长度为547~593 bp,主要表现为点突变,经Clustal W比对其同源性为25.7%~94.2%。将其核苷酸序列经聚类后可分为4个家族,其中家族Ⅰ和Ⅲ分别占总序列数的50%和28%。将32条RT序列翻译成氨基酸序列,在第18氨基酸序列处有1个非常保守的的甘氨酸(Gly),在138氨基酸序列处有1个半保守的赖氨酸(Lys)位点。32条序列均发生较多的终止密码子突变和移码突变。与其他物种的系统进化树分析,表明牡丹LINE类反转录转座子RT序列既有一定的保守性,同时也与其他物种间存在一定的同源性。
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