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"南药"是我国中药资源的重要组成部分,近年来,南部诸省均积极寻求"南药"道地药材产业之路,但"南药"植物资源种类和数量不清、种质资源难保存、野生资源遭受严重破坏、人工栽培品种品质退化等问题严重制约了"南药"产业的发展。分子鉴定技术是近年来兴起的一种鉴定技术,具有准确性高、重复性好的优点。本文对常用的分子鉴定技术进行了分析总结,从遗传多样性分析、亲缘关系分析、正伪替及多基原鉴定、种质资源评价4个方面对分子鉴定技术在"南药"中的应用进展进行归纳总结,为"南药"产业今后的发展方向提供依据。