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为配合卫生部《医疗技术临床应用管理办法》5月1日实施，2009年4月21日，卫生部办公厅公布了第三类医疗技术审核机构名单，中国医院协会被卫生部指定为第三类医疗技术审核机构，成为全国五家第三类医疗技术审核机构之一。中国医院协会非常重视第三类医疗技术审核机构的组建和管理工作，委托所属中国医院协会医疗技术应用专业委员会（简称MTA）承办第三类医疗技术审核机构。