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增强自主创新能力，已成为世界各国促进经济发展和提高国际竞争力的发展战略，而政府采购对自主创新的促进作用已得到世界各国的普遍关注。采用非参数的Malmquist指数方法，对2005～2011年中国各区域的面板数据进行分析，发现X效率大于1的区域多数分布在东部地区，小于1的区域中西部地区居多，中国的政府采购制度和自主创新能力建设不匹配，两者的协调机制还处于形成之中。同时，中国在政府采购促进自主创新能力方面需要解决两大问题：一是构建良好的政府采购的治理条件；二是建立一个透明的、系统的、开放的采购过程。