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华南农业大学动物科学学院历史悠久，其前身可追溯至1909年创办的广东农事试验场附设农林讲习所。1952年由中山大学、岭南大学、广西大学的畜牧兽医系组建成华南农学院畜牧兽医系，设畜牧专业。1987年畜牧兽医系分为畜牧系和兽医系，1992年畜牧系改名为动物科学系，2001年动物科学系改为现名动物科学学院。2003年蚕丝科学系归并入动物科学学院。