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Andersean和Lubberstedt于2003年提出了植物功能标记（functional markers，FMs）的概念，并报道了功能标记的建立和应用及其前景。和形态学、同工酶、随机DNA标记（RDMs，包括微卫星、AFLPs、RFLPS等）等匿名的遗传标记相比较，FMs来自引起表型性状变异的基因内的多态性位点。匿名遗传标记的主要缺点是其预测值是由标记和目标位点等位基因间的连锁相得到的。