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micr0RNA（miRNA）是一类内源性非编码小RNA，主要通过降解靶基因或抑制靶基因的翻译而调控表达。由于其作用机制复杂，目前尚未发现高效而低成本的靶标定位方法。近年来，基于碱基互补配对原理的计算机预测法被广为应用，但此方法假阳性高，不同算法所得结果差异大，会误导和干扰下游的功能学实验。因此，有研究者提出结合样本配对mRNA表达量来进一步定位靶基因，明确miRNA—mRNA相互作用方式，这种联合分析的方法受到了普遍认可。本文回顾了近年来基于miRNA—mRNA配对表达谱进行联合分析的方法学进展，并简要