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治疗或预防感染性疾病往往依赖于由临床标本中分离出来的微生物的相关信息，临床微生物实验室内菌株间的表型分析方法有抗菌药的敏感谱，生物型以及血清型。但这些方法可重复性低，不能有效地鉴定同一种属的不同株，基因分型系统弥补了表型分型系统中的许多不足，成为流行病学调查领域中更为受欢迎的方法，本文对分型系统的各项指标，传统的表型分型系统及基因型分型系统加以综合比较。