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当前，青岛、汕头的海水养殖产业正在进行不同层次的产业转型。本文以新制度经济学理论和青岛、汕头的实地调研为基础，从两地存在较明显差异的海域使用权属管理、海域使用规划、行业管理、产业转移成本等方面，对地方政府关于海水养殖产业制度安排的演进过程和趋势进行比较，分析地方政府制度安排在不同层次的产业转型中所发挥的作用。地方政府制度安排在推动海水养殖产业发展的同时，也带来了负外部效应，这与海域产权不明确密切相关。地方政府在这一方面应有所作为，但要协调好利益相关者和公共利益之间的关系。