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本文讨论了我国高等教育科类结构调控面临的现实困境，从理论层面分析了科类结构问题的生成机制，提出专业审批制度、招生录取制度和拨款制度、排名和评价制度是导致问题的根源所在。在此基础上提出了重建我国科类结构调控新机制的路径选择，即：转变思路，从博弈分析中找到调控切入点；政府由行政主导转向市场监管者的角色，建立与利益挂钩的责任约束机制；改革专业审批准入制为审核备案制，把主体责任扩展到过程和结果中；改革招生、拨款制度，转向专业主导；建立第三方专业评估制度，以信息服务引导市场需求趋向合理。