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自1999年科研院所转制改革以来,科研院所在研发及其成果转化、经营、管理等诸多方面取得了显著成绩和积累了核心竞争优势。然而在新的历史条件下,科研院所在其自身定位、企业化与科研产品的外部性之间的矛盾等问题上仍未走出困境。本文在大量调研和征求专家意见的基础上,分析了科研院所的现状,提出了可供选择的改革方案,并对政府政策的制定提出了建议。