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目的 了解我国不同疟疾流行区间日疟原虫种群结构和遗传多样性特征,积累我国间日疟原虫遗传相关数据.方法 收集云南、海南、河南流行区间日疟患者血样,血涂片鉴定间日疟原虫阳性者抽提血液基因组,采用巢式/半巢氏PCR方法扩增特异性2.21微卫星片段,对扩增阳性产物进行基因扫描检测,根据检测微卫星的重复序列进行STR分型,并应用GENALEX软件计算等位基因频率、等位基因数目以及期望杂合度(expected heterozygosity,He).结果 间日疟原虫2.21微卫星在不同地区间日疟原虫样本中呈现高度的多态性,其等位基因数目变化范围为4～9,期望杂合度为0.613～0.853,比较不同地区,云南地区间日疟原虫等位基因数目为9,期望杂合度为0.853,变异度最高.结论我国不同地区间日疟原虫基因组具有较高的遗传多样性,其种群结构具有地区特征,这可能与各种群传疟媒介种类不同及地理环境差异等相关。