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省域交际、地理困境和市场弱势是三峡城市群发展的伴生性障碍。长江经济带中上游大中城市群的边际承接需要，使得三峡城市群的发展必须从无序向有序状态演化。实行区域创新系统协同发展，进行空间结构的创新整合以及资源配置的优化，是推动三峡城市群有组织发展的重要方式。跨省域因素导致行政力量高分离，三峡区域弱经济导致市场力量低融合，两者可能会背离城市群发展的目标。从协同发展的价值分析展开，围绕协同目标、协同动力和协同主体，探讨三峡城市群协同发展的内在机理，提出了推进三峡城市群创新系统协同发展优化路径的建议。