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【目的】明确新疆北部棉花主要病原菌及其分布，为新疆棉花数据库的建立提供数据，为棉花主要病害的高效防控提供依据。【方法】针对棉花主要根茎部病害从新疆北部9个市县级（含附近团场）采样区域中广泛采集病株，利用4种病害（枯萎病、立枯病、黄萎病和红腐病）各自的病原菌的特异性引物进行PCR检测。【结果】从9个采样区域，共72份以村（连）为单位的混合病样中，普遍或较普遍地检测到4种病害的病原菌，但各病原菌检出率有较大差异。其中，尖孢镰刀菌的检出率较高，为84.72%；立枯丝核菌次之，为56.94%；大丽轮枝菌和串珠镰刀