多目标遗传算法的含假结RNA二级结构预测

• 作 者: 顾倜 蔡磊鑫 王帅 吕强
• 机 构: 苏州大学计算机科学与技术学院,江苏省计算机信息处理技术重点实验室（苏州大学）
• 出 处: 生物信息学
• 发表日期: 2017年3期
• 关键词: RNA二级结构 假结 多目标优化 遗传算法 最大期望精度 RNA secondary structure Pseudoknot Multi-objectiv
• 基金项目: 国家自然科学基金（61170125）.

假结是RNA中一种重要的结构，由于建模的困难导致它更难被预测。通过碱基之间的配对概率来预测含假结RNA二级结构的ProbKnot算法具有很高的精度，但该算法仅用了配对概率作为预测依据，导致阴性配对大量出现，因此精度中的特异性较低。实验结合ProbKnot算法中碱基配对概率模型，通过使用多目标遗传算法，从而提高预测含假结RNA二级结构的特异性，以此促进总体精度的提高。实验过程中，首先计算出每个碱基成为单链的概率，作为新增的预测依据，然后使用遗传算法对RNA二级结构进行交叉、变异和迭代，最后得到Pareto最