【摘 要】
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本研究利用NCBI上已公布的黄颡鱼全基因组测序结果,使用MISA软件对黄颡鱼全基因组的微卫星进行筛选并分析;结合MISA文件和基因组gff注释文件通过编写脚本定位微卫星在基因组
【机 构】
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南京师范大学海洋科学与工程学院,南京,210023
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本研究利用NCBI上已公布的黄颡鱼全基因组测序结果,使用MISA软件对黄颡鱼全基因组的微卫星进行筛选并分析;结合MISA文件和基因组gff注释文件通过编写脚本定位微卫星在基因组的位置,并对外显子区含有微卫星的基因进行GO注释和KEGG富集.在黄颡鱼基因组713 810 725 bp序列中,共筛选出418 550个完整型的微卫星,其长度为12 974 321 bp,占基因组序列总长度的1.8％,相对丰度为586个/Mb.在1～6不同碱基重复类型微卫星中,二碱基重复数目最多,共173 177个,占微卫星总数的41.38％.然后依次是单碱基(40.26％)、四碱基(9.37％)、三碱基(7.63％)、五碱基(1.15％)和六碱基(0.21％).基因组中重复数目最多的10种微卫星类别依次为T、A、AC、TG、GT、CA、TC、TA、AG和AT.同时通过对基因组微卫星进行定位,16 381个微卫星定位在基因外显子上,并分布在3 853个基因上.GO注释结果显示注释到分子功能的基因数目最多,富集前10的条目主要与电压门控钠通道复合物、电压门控钠通道活性和蛋白去磷酸化有关.KEGG富集分析显示共富集到21个通路,其中Hippo信号通路最为显著.研究结果为今后黄颡鱼微卫星标记的开发以及微卫星的定位功能等提供了一定的理论基础.
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