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本文从专项项目经费管理的视角，以重庆A医院为例，对疫情期间公立医院新冠肺炎疫情防控项目经费的来源、使用报销、审计监督等方面进行介绍，探讨疫情防控专项经费管理办法的新思路与工作实践情况，提出后续应急经费管理和应急物资采购优化的路径和方向。旨在为今后进一步提升公立医院应对突发重大公共卫生事件的能力和水平，加强和完善公立医院专项资金管理的措施和方法,为提高专项资金的效益提供参考借鉴。