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不同于西方发达国家以大学为主体的内生型模式,我国知识创新体系建设的关键是结合现状推动大学与科研机构两大主体间的系统性融合。实证分析了现阶段科学研究与高等教育的关系表现,提出通过创新机构联合、创新过程整合和创新功能耦合实现高等教育与科学研究的深度融合,并剖析了3个创新过程相互作用、螺旋式上升推动两者深度融合的运行机理。结果表明,通过3个创新过程的相互作用推动高等教育与科学研究的深度融合是实现我国知识创新双轮驱动良性运转的可行路径。