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本文采用中国健康与营养调查数据,利用Probit模型检验了政策性补偿支出对于新农合参合率的影响,估算了新农合实现高参合率目标所需的政策性补偿支出规模,并系统评估了政策性补偿支出对于基层政府财政负担的影响。研究结果表明:政策性补偿支出显著提高了新农合参合率;第一阶段旨在实现高参合率目标的政策性补偿支出对于基层政府财政负担的影响是逐渐减弱的;而第二阶段旨在实现合意的保障水平目标的政策性补偿支出却增加了基层政府财政负担。基于上述研究结论,本文提出了旨在减轻基层政府政策性补偿支出负担的财政分权改革建议。