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由于过渡性优惠政策体系的缺位，2009年1月1日实施的新《增值税暂行条例》在施行过程中产生了与税收公平、税收效率和税收中性原则相违背的各种问题。对此，应当以制定转型改革过渡期法律政策体系、建立协税护税系统和完善投资主体的产权与权益约束机制作为应对措施，以保证新《增值税暂行条例》作用的切实发挥和增值税转型改革在实践中的顺利推行。