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宋代吴江长桥修建使吴淞江水流流速缓慢，河道淤积加强。到明代，随着山区开发，水流更加浑浊。为了防治淤塞，明初治水者将吴淞江中下游主干河道转移到黄浦江。黄浦江水深流急，排水速度提高，吴淞江溢流排水的丰水环境被改变。昆山与嘉定的原吴淞江两岸地区由此产生旱情。由于海潮顺各河快速上溯，泥沙沉积格外严重，沿岸高地的形势日益强化。因清水经常断流，潮水灌溉也大为减少，整个地区对旱涝的敏感程度明显提升。旱情在嘉靖年间日益严重，江南水乡出现了旱情敏感。水乡中出现了旱地化景观，也出现了一些次生的变化。旱灾导致高地难以再持续种植水稻，不得不以种植棉花替代。水稻种植比重下降，棉花种植比重上升。