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在区分使用区域内部资源自主创新与使用区域外部资源协同创新竞争机制的基础上,研究发现：区域R＆D内部支出之间存在互补性竞争策略,即其他区域自主创新投入增加激励区域内自主创新投入增加;区域协同创新投入之间存在替代性竞争策略,即其他区域协同创新投入增加引起该区域协同创新投入减少;一个良好的区域公共发展环境,有利于区域创新投入的增加。提出了优化区域创新投入结构、协调两种创新策略关系的建议。